V okviru programa Migracije se ukvarjamo z različnimi vidiki sodobnih migracij. Različnim marginaliziranim posameznikom in skupinam migrantov, kot so prosilci za in osebe s priznano mednarodno zaščito, otroci brez spremstva, nedokumentirani migranti in drugi nudimo svetovanje, informiranje, psihosocialno in psihoterapevtsko pomoč ter zagovorništvo. Organiziramo različne aktivnosti za lažjo integracijo migrantov v novo okolje kot so: seznanjane z lokalnim okoljem, organizacijami in institucijami ter navadami večinskega prebivalstva, pomoč pri urejanju dokumentacije, učenje slovenskega jezika, učne pomoči, družabne športne in kulturne aktivnosti in druge oblike pomoči pri integraciji. V naše programe vključujemo prostovoljce, ki jih tudi izobražujemo in jim nudimo mentorsko podporo.
Na sistemskem nivoju se zavzemamo za ustrezno zakonodajo in prakso na področju migracij v Sloveniji. Zavzemamo se tudi za ustrezno zaščito otrok brez spremstva v Sloveniji ter za ustrezni dostop migrantov do zdravstvenega varstva. O vprašanjih vezanih na sodobne migracije in migrante osveščamo širšo in strokovno javnost na posvetih, okroglih mizah in na drugih javnih dogodkih in ob sodelovanju z mediji, prav tako o sodobnih migracijah izobražujemo prostovoljce in strokovnjake. Javnost osveščamo tudi na Festivalu migrantskega filma, ki ga letno organiziramo na različnih lokacijah.
Izvajamo in sodelujemo pri raziskavah o migracijah in migrantih v Sloveniji. Sodelujemo v različnih strokovnih telesih in sicer svet za integracijo tujcev ter delovna skupina za boj proti trgovini z ljudmi, na evropskem nivoju pa sodelujemo v Programu za otroke brez spremstva v Evropi (SCEP) in v mreži za zmanjševanje ranljivosti na področju zdravstva, ki jo vodi organizacija Zdravniki Sveta.
